この記事は、フリースクールの開業・立ち上げ・運営で使える補助金や助成金を探している方に向けて書いています。英語教室・プログラミング教室・料理教室・学習塾などの平日の日中を生かしたい方や、これから自分で開きたい方です。国の制度の位置づけ、自治体の実例、民間の助成金、探し方と申請の注意を、公式ページで確かめた範囲で整理します。制度は年度ごとに変わるので、申請の前に必ず各窓口の最新の要綱を確かめてください。
目次
- フリースクールの設置者に、国の直接の補助があるかどうか（読んだ範囲）
- 東京都・茨城県・群馬県・静岡県・三重県・札幌市の、運営者向け補助の内容と年度
- 家庭向けの補助と運営者向けの補助のちがい
- 民間の助成金の例と、補助金の探し方の手順
- 後払い・対象経費・活動実績など、申請の注意と収支の考え方
1フリースクールの開業で使える補助金｜先に結論
「フリースクール 開業 補助金」で調べる方が知りたいのは、「開くときにもらえるお金はあるのか」だと思います。公式ページで確かめた範囲の答えを、先に3つにまとめます。
フリースクールの補助金 3つの結論
つまり、補助金は「開業資金をまかなうもの」というより、開いて実績を積んだあとに、運営を支えてくれるものと考えるのが実際に近いです。開くときのお金そのものはフリースクールの開業資金はいくら？で扱っているので、この記事は補助金・助成金に絞ります。
なお、一人で資金を集めて開くほかに、すでにある仕組みと組んで、いまの教室や自宅で開く形もあります。その一例を先に載せておきます。くわしくは7章で説明します。
どんな教室が開かれているかは、NIJINアカデミーのリアル教室の紹介ページで見られます。
2国の制度の位置づけ｜設置者への直接の補助はあるか
まず国の制度です。文部科学省とこども家庭庁の公式資料のうち、今回読めたものと、そこに書かれていたことを表にします。
| 読んだ資料 | 書かれていること（要旨） | 設置者への直接の補助 |
|---|---|---|
| 教育機会確保法 第6条・附則 | 国と地方公共団体は、必要な財政上の措置を講ずるよう努める。附則は、政府が経済的支援の在り方を検討し、必要な措置を講ずるとしている | 補助金の制度そのものを定めた条文ではない |
| 文部科学省「COCOLOプラン」（令和5年3月） | 学校や教育委員会と、NPOやフリースクール等との連携を強化する。こども家庭庁とも連携し、多様な居場所づくりを広げる | 読んだ範囲では見当たらない |
| こども家庭庁「こどもの居場所づくり支援体制強化事業」（令和8年度の実施要綱） | 実施主体は都道府県と市町村（委託もできる）。NPO等と連携したモデル事業は公募で、確かめた時点で募集は終了 | 自治体への国庫補助が中心。フリースクールの運営費を広く補助する制度ではない |
出典：e-Gov法令検索「義務教育の段階における普通教育に相当する教育の機会の確保等に関する法律」laws.e-gov.go.jp／文部科学省「不登校対策（COCOLOプラン等）について」mext.go.jp／こども家庭庁「こども・若者の居場所づくり」cfa.go.jp・「こどもの居場所づくり支援体制強化事業について」cfa.go.jp
読んだ範囲では、「民間のフリースクールを開く人に、国が直接出す開業の補助金」は見当たりませんでした。ただし、国のすべての予算事業を調べたわけではありません。「国の補助は無い」と言い切ることはできないので、気になる方は文部科学省やこども家庭庁、地元の教育委員会に確かめてください。
一方、法律が「地方公共団体も財政上の措置に努める」としていることもあり、実際の補助金は、自治体が独自に設けています。次の章で、公式ページで中身を確かめられた6つを紹介します。フリースクールの法律上の位置づけはフリースクールの設立条件にまとめています。
3自治体の運営者向け補助｜6つの実例を比較
フリースクールの運営者に補助金を出している自治体のうち、公式ページや要綱で、対象・金額・申請の時期を確かめられたものを比べます。どれも年度ごとの制度です。年度を必ず見てください。
| 自治体・制度（確かめた年度） | 補助率・上限 | おもな要件 | 申請の時期 |
|---|---|---|---|
| 東京都フリースクール等支援事業（令和8年度） | サポートプランの作成等の人件費は4分の3（上限は常勤150万円・非常勤75万円）。安全対策・体験活動・スタッフの資質向上などは2分の1 | 都内の民設・民営の通所型施設。令和8年7月1日時点で都内で1年以上の活動実績。週3日以上、おおむね9時〜15時に開所。都内在住の児童生徒が2名以上通所 | エントリー5月29日〜6月12日、申請7月6日〜8月10日。基礎講習の受講が必須 |
| 茨城県民間フリースクール連携推進事業（運営費）補助金（令和8年度） | 実支出額の2分の1以内。1施設あたり年間100万円が上限 | 県内に所在。通所者が3名以上。週3日以上、学校の教育活動の時間帯に開設。出席扱いと認められている通所者がいる。職員が複数いる など | 令和8年6月30日まで。10月〜11月に追加募集をする場合がある |
| 群馬県フリースクール等支援事業補助金（令和8年度） | 基本枠は2分の1、上限100万円（うち運営費は50万円まで）。上乗せ支援枠は2分の1、上限300万円 | 補助要件を満たす施設（要件の中身は県の資料で確認を） | 令和8年4月1日〜5月29日 |
| 静岡県フリースクール等支援事業費補助金（令和8年度） | 実支出額の2分の1以内。1運営主体あたり年100万円が上限 | 県内の施設で事業を行う民間の団体。1年以上の支援事業の実績。県教育委員会の連携協議会の名簿に登載され、参加している など | 令和8年9月2日〜9月16日 |
| 三重県フリースクール等民間施設運営支援補助金（金額は令和7年度） | 3分の1以内。上限は開所日数で変わり、週1〜2日40万円、週3〜4日50万円、週5日以上60万円 | 法人・個人を問わない。県と県教育委員会が現地確認したフリースクール。週1回以上、学校で授業をしている時間帯に開所する通所型 など | 令和7年度は8月5日〜9月16日。令和8年度も8月5日〜9月16日に募集 |
| 札幌市フリースクール等民間施設事業費補助金（令和8年度） | 年間の上限は児童生徒数で変わり、8名以下160万円〜33名以上320万円 | 非営利法人（学校法人を除く）が運営し、2年以上の活動実績。複数の小・中学生を受け入れている。利用料が比較的低額 など | 第1回6月1日〜30日、第2回9月1日〜30日。予算の上限に達すると新規の受付はしない |
出典：東京都生活文化局「フリースクール等に関連する支援事業について」metro.tokyo.lg.jp・東京都フリースクール等支援事業「事業の内容」metro.tokyo.lg.jp／茨城県教育委員会「令和8年度茨城県民間フリースクール連携推進事業（運営費）補助実施要領」pref.ibaraki.jp（PDF）／群馬県「群馬県フリースクール等支援事業補助金の募集について」pref.gunma.jp／静岡県「フリースクール運営費助成制度」pref.shizuoka.jp／三重県「令和7年度三重県フリースクール等民間施設運営支援補助金を創設します」pref.mie.lg.jp・「フリースクールを支援します！」pref.mie.lg.jp／札幌市「フリースクール支援」city.sapporo.jp
6つの制度から見える共通点
- 実績や人数の要件がある：東京都と静岡県は1年以上、札幌市は2年以上の活動実績を求めています。茨城県は通所者3名以上、東京都は2名以上です。開いたその年から使える制度は多くありません。
- 平日の日中に開いていること：東京都と茨城県は週3日以上、三重県は週1回以上を挙げています。
- 学校や教育委員会との連携：出席扱いになりうる体制（静岡県）、連絡協議会への参加（茨城県・静岡県）など。準備はフリースクールは出席扱いになる？にまとめています。
- 全額は出ない：補助率は2分の1や3分の1が中心で、残りは自分で用意します。
なお、長野県には、県内のフリースクール等を認証して財政支援などを行う「信州型フリースクール認証制度」（令和6年4月創設）があります。補助の金額は今回確かめられなかったため、表には入れていません。ここに無い自治体にも制度がある場合があるので、6章の手順で探してください。
出典：長野県「信州型フリースクール認証制度のご案内」pref.nagano.lg.jp
4利用者（家庭）向けの補助と、運営者向けの補助のちがい
「フリースクール 補助金」で調べると、2種類の制度が混ざって出てきます。保護者に出るものと、運営者に出るものです。東京都は両方を持っているので、同じ都の制度で比べます。
| くらべる点 | 利用者（家庭）向け | 運営者向け |
|---|---|---|
| 東京都の制度（令和8年度） | 東京都フリースクール等利用者支援事業助成金 | 東京都フリースクール等支援事業 |
| だれが申請し、受け取るか | フリースクール等に通う不登校の小・中学生の保護者 | 都内でフリースクール等を運営する事業者 |
| 内容 | 利用料に対して月額2万円を上限に助成。入会金・施設維持費・教材費などは対象外 | 人件費、安全対策、体験活動などの経費の一部を補助 |
| 受け取りまで | 交付申請と、3か月ごとの利用状況の報告が必要。利用実績を都に報告したあとに支給 | エントリー、基礎講習、申請書類の審査などを経る |
| 教室の収入になるか | ならない（保護者の負担が軽くなる） | 教室の経費の一部がまかなわれる |
出典：東京都生活文化局「フリースクール等に関連する支援事業について」metro.tokyo.lg.jp
家庭向けの補助は、教室の収入にはなりません。ただ、保護者の負担が軽くなれば通い続けやすくなるので、運営者にとっても知っておきたい制度です。開く地域に家庭向けの制度があるかを調べ、保護者に案内できるようにしておくと親切です。
5民間の助成金｜公式サイトで確かめた2つ
自治体の補助のほかに、財団などの助成金があります。フリースクール専用ではありませんが、子どもの活動を支える団体が申請できるものを、公式サイトで確かめた範囲で2つ紹介します。
| 助成 | 対象 | 金額・時期（公式サイトの記載） |
|---|---|---|
| 子どもゆめ基金（独立行政法人 国立青少年教育振興機構） | 子どもを対象とする体験活動や読書活動など。NPO法人や社団・財団法人のほか、法人格が無くても体制が整っていると認められる団体も対象 | 1活動あたり2万円以上、限度額まで。採択実績のない新規の団体は、原則として限度額の2分の1。令和9年度の一次募集は2026年10月1日〜12月2日 |
| 公益財団法人ベネッセこども基金 | 「こども×学び」を支援する団体への助成。経済的困難を抱えるこどもの学び支援活動助成など | 確かめた時点（2026年10月）では「現在募集中の助成はありません」と表示。募集の時期は公式サイトで確認を |
出典：子どもゆめ基金「体験活動・読書活動コース 助成募集案内」yumekikin.niye.go.jp／公益財団法人ベネッセこども基金「助成情報」benesse-kodomokikin.or.jp
子どもゆめ基金の対象経費は、活動を実施するために必要な謝金・旅費・雑役務費などです。毎月の家賃や人件費をまかなう運営費の補助とは性格がちがい、「体験活動の1つの企画」に対する助成と考えると合います。審査があり、申請した額がそのまま出るとは限らないことも、募集案内に書かれています。
6補助金の探し方の手順と、申請の注意
自分の地域で使える制度は、次の順番で探すと抜けが減ります。
フリースクールの補助金の探し方 5つの手順
申請の前に知っておきたい注意
確かめた要綱や公式ページに書かれていたことから、つまずきやすい点を表にします。
| 注意する点 | 公式ページ・要綱に書かれていること |
|---|---|
| お金が入るのは、あとから | 長野県の手続きの流れは、交付決定→事業の実施→実績報告→額の確定→補助金の支払いの順。茨城県の支払方法は概算払と精算払で、概算払は交付決定額の50%以内。先に自分で支払うお金が要る |
| 対象にならない経費がある | 東京都は賃料が対象外。茨城県は教材費、図書購入費、体験活動・行事の費用などを除く。三重県は人件費や賃借料も対象。制度ごとに正反対のこともある |
| ほかの補助金と重ねられない | 静岡県は、他の補助金を受けている経費を対象から除く。茨城県も、同じ経費で国や自治体の他の補助金を受けていないことが要件 |
| 自己資金が求められる | 茨城県は、県の補助額の2分の1以上の自己資金や寄附金、借入金などを運営にあてていることが要件 |
| 募集の期間が短い | 静岡県の令和8年度は9月2日〜16日の約2週間。東京都はエントリーと基礎講習が先に必要 |
| 予算に限りがある | 茨城県は予算の範囲内で交付し、予算を超えた申請があれば総合的に判断して額を決める。札幌市は予算の上限に達すると新規の受付をしない |
| 記録と証拠の書類が要る | 茨城県は実績報告に、通帳の写しや領収書などの添付を求め、帳簿と証拠書類を5年間保存するよう定めている |
出典：長野県フリースクール等情報ポータルサイト「補助金交付手続き・申請方法」shinshu-freeschool.jp／茨城県教育委員会「令和8年度茨城県民間フリースクール連携推進事業（運営費）補助金交付要綱」pref.ibaraki.jp（PDF）ほか、3章の各出典
補助金を受けたときの税金や会計の扱いは、個人か法人かなどで変わります。税務署や税理士に確かめてください。開くまでの段取り全体はフリースクールの立ち上げ方にまとめています。
7補助金に頼りすぎない収支の考え方｜仕組みと組む選択肢
補助だけに頼らず続けるしくみをどう作るか。校長が、事業として取り組む理由を話しています。
▶ここまで見たとおり、補助金は「実績が要る」「全額は出ない」「あとから入る」「年度ごとに変わる」ものです。計画の順番は、次のように考えると安全です。
- 補助金なしで回る形を先につくる 毎月の収入（利用料）と支出（場所・人・保険など）を書き出す
- 固定費を小さく始める いまの教室の空き時間や自宅を使えば、新しく場所を借りる費用を抑えられる
- 補助金は「上乗せ」として足す 対象になったら、体験活動やスタッフの学びなど、質を上げる部分にあてる
収入と支出の組み立ては、フリースクールの経営は成り立つ？でくわしく扱っています。
固定費を抑えて始める形の1つが、すでにある仕組みと組むことです。NIJINアカデミーは、不登校や学校が合わない子どものためのフリースクールで、メタバースの校舎と地域のリアル教室を組み合わせたハイブリッド型のオルタナティブスクールです。子どもたちは「週1リアル教室、週4メタバース」で学び、リアル教室は全国52か所（開校予定含む）にあります。教室長は、いまの教室や自宅で、その1つを開きます。
募集ページに載っていること
- 週1日から開校できる。9:00〜16:00の間で5時間。曜日と時間は自分で決める
- 場所は、自宅または自宅近隣の施設など。いまの教室の空き時間も使える
- 教員免許も、先生の経験も不要。契約の形は業務委託
- 支給は、生徒が支払う学費の8割（生徒1人あたり月額13,200円が基本）
- 選考でかかる費用は、開校視察費 88,000円（税込）
自分で担うこと・確かめること
- 物件の確保、地域への周知、集客、安全管理は、教室長の仕事に含まれる
- 収支は生徒数などで変わり、収入が約束されるものではない
- 開校後の条件は、選考の中で伝えられる
- リアル校が自治体の補助の対象になるかは、制度ごとの要件による。使いたい制度の窓口で確かめる
出典：NIJIN採用サイト「NIJINアカデミー リアル校 教室長 募集」nijin.co.jp/recruit/nijinacademy-real/
募集ページには、料理教室の空き時間、家族経営の塾の日中、自宅で週2日、という3つのモデルケース（参考の試算）も載っています。仕事の中身はフリースクールの教室長を募集で紹介しています。
実際に教室を開いた人の声を紹介します。保育士として10年間、発達支援の現場で働き、わが子の不登校をきっかけにNIJINアカデミー越谷校を開いた、教室長のひとみんです。
ひとみん
保育士として10年間、発達支援の現場を経験。NIJINアカデミー越谷校 教室長
「それなら、息子が安心して過ごせる場所を自分で作ろう」
学校に行けなくなったとき、安心して過ごせる場所がほとんどないと気づいたことが、出発点だったそうです。教室長に必要なものについては、こう話しています。「教員免許より大切なのは、これまでの経験や、子どもを想う気持ちだと感じています。」インタビュー記事を読む
教室を1つ開くのではなく、教育の事業そのものを自分で立ち上げたい方には、NIJINの星野起業塾という入口もあります。公式ページによると、教員、会社員、子育て中の人などが、副業から教育の事業をつくることに伴走する取り組みです。
8よくある質問
フリースクールの開業資金に使える、国の補助金はありますか？
開業した年から、自治体の運営費補助は受けられますか？
個人でも、フリースクールの補助金を申請できますか？
家賃や人件費は、補助の対象になりますか？
補助金は、いつ受け取れますか？
フリースクールの助成金と補助金は、何がちがいますか？
自宅で開くフリースクールも、補助の対象になりますか？
9まとめ｜補助金は「上乗せ」として計画する
フリースクールの開業そのものに国が直接出す補助金は、読んだ範囲では見当たりませんでした。実際に使えるのは、東京都・茨城県・群馬県・静岡県・三重県・札幌市のような自治体の運営者向けの補助で、その多くは活動実績や通所者の人数を要件にしています。補助率は2分の1や3分の1が中心で、お金が入るのは実績報告のあとが基本です。
だからこそ、補助金なしでも回る形を先につくり、補助金は上乗せとして考えるのが安全です。いまの教室や自宅で小さく始める道、すでにある仕組みと組む道もあります。まずは募集ページを読んで、自分の場所と1週間に置けるかどうかを確かめてみてください。
いまの教室で、平日の昼に。
子どもが安心して通える場所を、あなたの地域に。
あわせて読みたい｜フリースクールを開く
あわせて読みたい｜教室長の声
- e-Gov法令検索「義務教育の段階における普通教育に相当する教育の機会の確保等に関する法律」laws.e-gov.go.jp
- 文部科学省「不登校対策（COCOLOプラン等）について」mext.go.jp
- こども家庭庁「こども・若者の居場所づくり」cfa.go.jp／「こどもの居場所づくり支援体制強化事業について」cfa.go.jp
- 東京都生活文化局「フリースクール等に関連する支援事業について」metro.tokyo.lg.jp／東京都フリースクール等支援事業「事業の内容」metro.tokyo.lg.jp
- 茨城県教育委員会「令和8年度茨城県民間フリースクール連携推進事業（運営費）補助金交付要綱」pref.ibaraki.jp（PDF）／同「補助実施要領」pref.ibaraki.jp（PDF）
- 群馬県「群馬県フリースクール等支援事業補助金の募集について」（2026年4月1日）pref.gunma.jp
- 静岡県「フリースクール運営費助成制度（静岡県フリースクール等支援事業費補助金）」pref.shizuoka.jp
- 三重県「令和7年度三重県フリースクール等民間施設運営支援補助金を創設します」pref.mie.lg.jp／「不登校児童生徒の『居場所』としてのフリースクールを支援します！」pref.mie.lg.jp
- 札幌市「フリースクール支援」city.sapporo.jp
- 長野県「信州型フリースクール認証制度のご案内」pref.nagano.lg.jp／長野県フリースクール等情報ポータルサイト「補助金交付手続き・申請方法」shinshu-freeschool.jp
- 子どもゆめ基金「体験活動・読書活動コース 助成募集案内」yumekikin.niye.go.jp／公益財団法人ベネッセこども基金「助成情報」benesse-kodomokikin.or.jp
- NIJIN採用サイト「NIJINアカデミー リアル校 教室長 募集」nijin.co.jp／NIJINアカデミー「リアル教室」academy.nijin.co.jp
- 社員インタビュー（ひとみん）nijin.co.jp／星野起業塾 nijin.co.jp/kigyojuku/