この記事は、フリースクールを個人のまま始めてよいのか、法人にすべきか、どの法人がよいのかを調べている方に向けて書いています。個人事業・NPO法人・一般社団法人・株式会社（合同会社）のちがいを、内閣府・法務省・国税庁・文部科学省などの公式ページで確かめた範囲で整理します。税金や法律の判断は一人ひとりの状況で変わるので、最後は税務署・法務局・所轄庁や、税理士・司法書士などの専門家に確かめてください。
目次
- フリースクールは個人事業主のままでも運営できるのか（公式資料で確かめた範囲）
- 個人事業・NPO法人・一般社団法人・株式会社（合同会社）の、手続き・人数・費用・税の区分のちがい
- NPO法人の設立要件（社員10人以上など）と、申請から認証までの期間
- 補助金や出席扱いと、法人格の関係（制度ごとの実例）
- 形を選ぶためのチェック表と、窓口・専門家への相談先
1フリースクールの法人化は必要？｜先に結論
「フリースクール 法人化」で調べる方が知りたいのは、「個人のままでよいのか」「法人にするなら、どれを選ぶのか」だと思います。確かめた範囲の答えを、先に3つにまとめます。
フリースクールの法人化 3つの結論
実際の運営主体については、少し古いですが、文部科学省の調査があります。
文部科学省の調査（平成27年3月時点、回答319件）では、法人格を有する団体・施設が7割弱で、そのうちNPO法人が最も多く全体の5割弱でした。法人格を有しない任意団体が約2割、個人で運営する団体・施設が約1割です。
出典：文部科学省「民間の団体・施設に関する調査」（平成27年8月、PDF）／文部科学省「民間施設についてのガイドライン（試案）」（PDF）
10年以上前の数字ですが、個人・任意団体・NPO法人・会社など、さまざまな形で運営されてきたことは分かります。許可や認可が要るかどうかはフリースクールの設立条件で扱っているので、この記事は「運営の形」に絞ります。
なお、自分で法人をつくって一から始めるほかに、いまの教室のまま、すでにある仕組みの一員として開く道もあります。その一例を先に載せておきます。くわしくは8章で説明します。
どんな教室が開かれているかは、NIJINアカデミーのリアル教室の紹介ページで見られます。
2個人事業・NPO法人・一般社団法人・株式会社のちがい｜比較表
4つの形を、法律と公式ページで確かめられた項目だけで並べます。「どれが得か」は状況で変わるため、仕組みのちがいだけを比べます。
| くらべる点 | 個人事業 | NPO法人 | 一般社団法人 | 株式会社／合同会社 |
|---|---|---|---|---|
| もとになる法律 | 法人をつくる手続きはない（開業の届出は所得税法） | 特定非営利活動促進法 | 一般社団法人及び一般財団法人に関する法律 | 会社法 |
| 始めるときの手続き | 税務署に「個人事業の開業・廃業等届出書」を出す | 所轄庁（都道府県、または指定都市）の認証を受け、そのあと登記する | 定款をつくり公証人の認証を受け、登記する | 株式会社は定款に公証人の認証を受けて登記。合同会社は定款の認証が要らず、登記する |
| 必要な人数 | 本人 | 社員10人以上。役員は理事3人以上と監事1人以上 | 設立時の社員2人以上。理事は少なくとも1人 | 株式会社は取締役を1人以上置く |
| 設立のときの公的な費用 | 登記にあたる費用はない | 設立登記の登録免許税は非課税（新潟県の案内による） | 定款認証の手数料5万円、設立登記の登録免許税6万円 | 株式会社は定款認証の手数料3万〜5万円（資本金の額等による）と、登録免許税（資本金の額の1,000分の7、15万円に満たないときは15万円）。合同会社の登録免許税は同じ率で、6万円に満たないときは6万円 |
| 法人になるまでの期間 | 法人にはならない。開業の届出は、事業を始めてから1か月以内に出す | 申請が受理されてから、縦覧の2週間と、そのあと2か月以内の認証・不認証の決定。認証のあとに登記する（4章） | 定款の認証を受けたあと、登記を申請した日に成立する | 登記を申請した日に成立する（株式会社は、その前に定款の認証を受ける） |
| 利益の分け方 | — | 営利を目的としない（構成員に収益を分配しない）。利益を得ること自体はできる | 社員に剰余金や残余財産の分配を受ける権利を与える定款の定めは無効 | 営利法人。株式会社の株主の責任は、株式の引受価額が限度 |
| 法人税の区分 | 法人税ではなく、所得税の手続き | 法人税法上の「公益法人等」とみなされる | 非営利型法人は「公益法人等」、それ以外は「普通法人」 | 普通法人 |
出典：内閣府NPOホームページ「認証制度について」／法務省「一般社団法人及び一般財団法人制度Q&A」／日本公証人連合会「定款認証」／国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」／新潟県「NPO法人設立認証後の手続き」／国税庁「一般社団法人・一般財団法人と法人税」
表を読むときの注意
- 費用は「公的な費用」だけです。専門家に頼むときの報酬などは含めていません。日本公証人連合会のページには、株式会社の定款を電子定款にしない場合、収入印紙4万円を貼ることも書かれています。
- 「非営利」は、もうけてはいけないという意味ではありません。内閣府は、営利を目的としないとは「団体の構成員に対し収益を分配したり財産を還元したりすることを目的としないこと」で、利益を得てはいけないということではない、と説明しています。
3個人事業主のまま始める｜届出と、困りやすい場面
いちばん身軽なのは、個人事業主のまま始める形です。
個人事業の届出
国税庁によると、新たに事業所得などを生ずべき事業を始めた人は、「個人事業の開業・廃業等届出書」を納税地の税務署に出します。提出の時期は、国税庁のページ（2026年10月に確認）では「事業の開始等の事実があった日の属する年分の確定申告期限まで」です。e-Taxでも、書面でも出せます。すでに開業届を出している方が事業の内容を広げるときに何が要るかは、税務署に確かめてください。
個人のままだと困りやすい場面｜補助金と出席扱い
気になるのは、「法人でないと補助金がもらえないのでは」「出席扱いにならないのでは」という点です。確かめた制度では、次のとおりでした。
| 制度・目安 | 運営主体についての書き方 | 読み取れること |
|---|---|---|
| 文部科学省「民間施設についてのガイドライン（試案）」 | 実施主体は「法人，個人は問わない」。実施者が不登校児童生徒への相談・指導等に深い理解と知識または経験を有し、社会的信望を有していること | 出席扱いを判断するときの目安は、法人かどうかではなく、実施者と活動の中身に置かれている |
| 三重県フリースクール等民間施設運営支援補助金（令和7年度の創設時のページ） | 「法人・個人を問わず」 | 個人でも対象になりうる制度がある |
| 札幌市フリースクール等民間施設事業費補助金（令和8年度） | 非営利法人（学校法人を除く）が運営する施設で、2年以上の活動実績（任意団体として活動していた期間を含む）があること | 法人格、それも非営利の法人であることを求める制度がある。任意団体のころの実績を数えてもらえる例でもある |
出典：文部科学省「不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）」／文部科学省「民間施設についてのガイドライン（試案）」（PDF）／三重県の補助金の創設のお知らせ／札幌市「フリースクール支援」
つまり、法人格が要るかどうかは、使いたい制度ごとの要件によります。まず要綱の「補助対象者」の欄を読んでください。補助金の中身はフリースクールの開業・運営で使える補助金に、出席扱いの準備はフリースクールは出席扱いになる？にまとめています。
4NPO法人にする｜要件・設立の流れ・期間
文部科学省の調査でいちばん多かったのが、NPO法人（特定非営利活動法人）です。特定非営利活動促進法の別表には、「社会教育の推進を図る活動」「子どもの健全育成を図る活動」などが並んでいます。自分の活動がどれに当たるかは、所轄庁に確かめてください。
おもな要件
- 社員が10人以上いること。
- 役員は、理事3人以上と監事1人以上。
- 報酬を受ける役員は、役員総数の3分の1以下。
- 役員の親族の制限。それぞれの役員について、配偶者や三親等以内の親族が1人を超えて含まれてはならず、本人とその親族が役員総数の3分の1を超えてもいけません。
- 特定非営利活動を行うことを主な目的とし、営利を目的としないこと。宗教活動や政治活動を主な目的としないこと など。
家族で経営している教室の場合、家族だけで役員をそろえることはできないつくりになっています。趣旨に賛同してくれる仲間を10人集められるかどうかが、最初の分かれ目です。
設立の流れと期間
NPO法人ができるまで 6つの段階
受理から認証・不認証の決定までは、長い場合で「縦覧の2週間＋2か月」です。書類づくりや仲間集め、登記の時間も見込むと、思い立ってすぐには法人になれない形だと言えます。
設立したあとの義務と税
NPO法人は、毎事業年度の初めの3か月以内に、前の年度の事業報告書・計算書類・役員名簿などをつくり、事務所に備え置いて、所轄庁に提出します。これらは閲覧の対象になります。毎年の事務が増える点は知っておきたいところです。
税について、内閣府は「他の法人と同様に、法人税や消費税及び地方税などいろいろな税金が課せられる場合があります」としています。「NPO法人だから税金がかからない」わけではありません。地方税では、東京都主税局が、収益事業を行わない公益法人・NPO法人等にも法人都民税の均等割は課税されると案内し、免除についての資料も載せています。扱いは都道府県税事務所と市区町村に確かめてください。
出典：内閣府NPOホームページ「認証制度について」／特定非営利活動促進法（e-Gov）／東京都主税局「法人事業税・法人都民税」
5一般社団法人にする｜2人から登記でつくれる非営利の法人
「非営利の法人にしたいが、10人は集められない」というときに候補になるのが、一般社団法人です。法務省は、剰余金の分配を目的としない社団について、事業の公益性の有無にかかわらず、登記によって簡便に法人格を取得できる制度だと説明しています。所轄庁の認証は要りません。
設立の流れ
- 定款をつくり、公証人の認証を受ける 設立時の社員（2人以上）が共同でつくります。認証の手数料は5万円で、ほかに数千円程度の費用がかかります
- 設立時の理事を選ぶ 理事は少なくとも1人。定款で定めれば、理事会・監事などを置けます
- 設立の手続きを調べる 設立時の理事が調査します
- 法務局に設立の登記を申請する 登録免許税は6万円。登記によって法人が成立します
出典：法務省「一般社団法人及び一般財団法人制度Q&A」／日本公証人連合会「定款認証」／法務局「商業・法人登記の申請書様式」
法人税は「非営利型」かどうかで入口が変わる
一般社団法人の税で知っておきたいのが、国税庁の示す次の区分です。
| 区分 | 法人税法上の扱い | 課税される所得の範囲 | 税務署への届出 |
|---|---|---|---|
| 非営利型法人の要件を満たす一般社団法人 | 公益法人等 | 収益事業から生じた所得 | 法人設立届出書は不要。新たに収益事業を始めたときは、開始の日以後2月以内に収益事業開始の届出 |
| それ以外の一般社団法人 | 普通法人 | 全ての所得 | 設立の日（設立登記の日）以後2月以内に法人設立届出書 |
出典：国税庁「一般社団法人・一般財団法人と法人税」／「内国普通法人等の設立の届出」／「収益事業開始等の届出」
「収益事業」に当たるかは、活動の中身で決まる
NPO法人も、法人税の法令の適用では公益法人等とみなされます（特定非営利活動促進法 第70条）。そこで大事になるのが「収益事業」に当たるかどうかです。収益事業は法人税法施行令 第5条に34の事業が並んでいて、その30番目に、料理・音楽・絵画・書道などの技芸の教授や、学校の入学試験に備えるため・学校教育の補習のための学力の教授を行う事業が挙げられています。
料理教室や学習塾を母体にする方には、かかわりの深い条文です。フリースクールの活動や利用料がこれに当たるかどうかは、活動の中身によって変わり、この記事では判断できません。非営利型法人の要件を満たすかどうかも含めて、設立の前に税務署や税理士に確かめてください。
出典：特定非営利活動促進法（e-Gov）／法人税法施行令 第5条（e-Gov）
6株式会社・合同会社で運営する｜すでに会社がある教室の場合
学習塾やプログラミング教室の中には、すでに株式会社や合同会社として運営しているところもあります。文部科学省の調査の区分にも「営利法人（株式会社等）」があります。
設立するときの手続きと費用
株式会社は、発起人が定款をつくり、公証人の認証を受けて、本店の所在地で設立の登記をします。定款認証の手数料は、資本金の額等が100万円未満なら3万円、100万円以上300万円未満なら4万円、それ以外は5万円です。合同会社は、定款に公証人の認証が要りません。登録免許税は2章の表のとおりです。
出典：会社法（e-Gov）／日本公証人連合会「定款認証」／国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」
会社で運営するときに確かめたいこと
会社の形が合いやすい場面
- すでに会社で教室を運営していて、その事業の1つとして日中の時間に開く
- 少ない人数で意思決定をしたい（株式会社の取締役は1人以上）
- 登記だけで成立し、所轄庁の認証を待つ必要がない
先に確かめること
- 使いたい補助金が、非営利法人を要件にしていないか（札幌市の例）
- いまの定款の「目的」のままでよいか（司法書士や法務局に相談）
- 料金を分かりやすく示しているか。文部科学省のガイドライン（試案）は、「著しく営利本位でなく」、入会金や授業料などが明確にされ、保護者に情報提供されていることを目安に挙げている
出典：文部科学省「民間施設についてのガイドライン（試案）」（PDF）／札幌市「フリースクール支援」
7どの形を選ぶ？｜チェック表と相談先
ここまでの内容を、選ぶときの問いに並べ直します。
運営の形を選ぶ前のチェック表
- 使いたい補助金や委託の要綱を読んだ。「補助対象者」に、法人格や非営利法人の条件があるか
- 趣旨に賛同して社員になってくれる人が、10人以上いるか（NPO法人）。2人以上か（一般社団法人）
- 役員を、家族以外の人にもお願いできるか（NPO法人には親族の制限がある）
- 開きたい時期まで、何か月あるか（NPO法人は、申請から認証・不認証まで、縦覧の2週間＋2か月以内）
- 毎年の事業報告や決算の事務を、だれが担うか
- すでにある個人事業や会社の中で行うのか、別の法人に分けるのか
- 寄付や会費を集める計画があるか。利用料が中心か
| いまの状況 | 考えやすい形 | 先に確かめること |
|---|---|---|
| 一人で、週に数日、小さく試したい | 個人事業のまま始める | 地域の補助金が個人を対象にしているか。保険などの備え |
| 仲間や保護者と、地域の居場所として育てたい | NPO法人 | 社員10人・役員4人以上の体制と、認証までの期間。毎年の報告の事務 |
| 非営利の法人にしたいが、人数は少ない | 一般社団法人 | 非営利型法人の要件を満たすか。使いたい制度が一般社団法人を対象にしているか |
| すでに会社で塾や教室を運営している | いまの会社の事業として行う、または別の法人を新しくつくる | 補助金の要件に非営利法人の条件がないか。定款の目的 |
| まず個人や任意団体で始め、実績ができてから考えたい | あとから法人化する | 活動実績の数え方（札幌市は、任意団体として活動していた期間を含むとしている） |
どこに相談すればよいか
| 相談先 | 聞けること |
|---|---|
| 税務署・税理士 | 開業届、法人の届出、収益事業に当たるか、個人と法人の税のちがい |
| 法務局・司法書士 | 設立の登記、定款の目的、必要な書類 |
| 所轄庁（都道府県・指定都市のNPO担当） | NPO法人の認証の要件、申請書類、活動分野 |
| 教育委員会・補助金の担当課 | 補助金の対象になる運営主体、出席扱いにかかわる連携 |
| 日本政策金融公庫 | 開業のときの融資。「新規開業・スタートアップ支援資金」は新たに事業を始める方などが対象。「ソーシャルビジネス支援資金」はNPO法人のほか、社会的課題の解決を目的とする事業を営む方などが対象 |
出典：日本政策金融公庫「新規開業・スタートアップ支援資金」／「ソーシャルビジネス支援資金」
開くまでのお金の全体はフリースクールの開業資金はいくら？に、段取りはフリースクールの立ち上げ方にまとめています。
8法人をつくらずに始める道｜いまの教室のままリアル校を開く
別の仕事をしていた方が、地域とつくるフリースクールを開いた例を動画で紹介します。
▶もう1つ、新しい法人をつくることから始めずに、すでにあるスクールの教室の1つとして開く道があります。その一例が、NIJINアカデミーのリアル校です。
NIJINアカデミーは、不登校や学校が合わない子どものためのフリースクールで、メタバースの校舎と地域のリアル教室を組み合わせたハイブリッド型のオルタナティブスクールです。子どもたちは「週1リアル教室、週4メタバース」で学びます。リアル教室は、料理・英語・プログラミングなど、教室長の得意を生かした「特化型」で、全国52か所（開校予定含む）にあります。教室長は、いまの教室や自宅で、その1つを開きます。
この形なら、新しい法人をつくらなくても始められます。契約は業務委託なので、個人事業主のままでも、すでに会社やNPO法人で教室を運営していても結べます。報酬の税の扱いは、3章の個人事業の場合と同じく、税務署や税理士に確かめてください。開校日数や支給のしくみ、自分で担う仕事はフリースクールの教室長を募集にまとめています。
募集ページのよくある質問には、「自分の教室を運営していますが、開校は可能ですか？」という問いに「はい、もちろん可能です」と答えが載っています。
自分の教室を続けながらリアル校を開いている人の声を紹介します。管理栄養士と保育士の資格を持ち、独立して子ども料理教室を開業した、NIJINアカデミー自由が丘校の教室長、あーちゃんです。
あーちゃん
子ども料理教室Baton 主宰。NIJINアカデミー自由が丘校 教室長
「もっと料理という枠を越えて、一人ひとりの『好き』や『得意』を見つけ、それを思う存分伸ばせる場所をつくりたいと思うようになりました。」
いまは料理教室の主宰と並行して、毎週月曜日にリアル教室を開いているそうです。難しさについても、「私自身が教員免許を持っていないことです」と率直に話しています。インタビュー記事を読む
教室を1つ開くのではなく、教育の事業そのものを自分で立ち上げたい方には、NIJINの星野起業塾という入口もあります。公式ページによると、教員、会社員、子育て中の人などが、副業から教育の事業をつくり、グループ会社の代表になるまでを伴走する取り組みです。
9よくある質問
フリースクールは、個人事業主のままでも運営できますか？
NPO法人の設立には、どれくらいの期間がかかりますか？
一般社団法人とNPO法人は、何がちがいますか？
株式会社がフリースクールを運営してもよいのですか？
法人にすると、税金は安くなりますか？
個人で始めて、あとから法人にすることはできますか？
法人でないと、出席扱いは認められませんか？
10まとめ｜形より先に、続けられる運営を
フリースクールは、個人事業主のままでも始められます。NPO法人は社員10人以上と所轄庁の認証が必要で、受理から認証・不認証の決定までに、縦覧の2週間と2か月以内の期間がかかります。一般社団法人は2人以上で、定款の認証と登記によってつくれます。会社で運営する場合は、非営利法人を要件にする補助金がある点に注意が要ります。
「これが正解」という1つの答えはありません。使いたい制度の要件、いっしょに動く人の数、開きたい時期から選び、迷う点は税務署・法務局・所轄庁や専門家に確かめてください。新しい法人をつくらずに、いまの教室のまま、すでにある仕組みの教室として開く道もあります。まずは募集ページを読んで、自分の場所と1週間に置けるかどうかを確かめてみてください。
いまの教室で、平日の昼に。
子どもが安心して通える場所を、あなたの地域に。
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- 文部科学省「小・中学校に通っていない義務教育段階の子供が通う民間の団体・施設に関する調査」（平成27年8月5日）mext.go.jp（PDF）
- 文部科学省「不登校児童生徒への支援の在り方について（通知）」令和元年10月25日 mext.go.jp／別添3「民間施設についてのガイドライン（試案）」mext.go.jp（PDF）
- 内閣府NPOホームページ「認証制度について」npo-homepage.go.jp／「特定非営利活動法人（NPO法人）制度の概要」npo-homepage.go.jp
- e-Gov法令検索「特定非営利活動促進法」laws.e-gov.go.jp／「一般社団法人及び一般財団法人に関する法律」laws.e-gov.go.jp／「会社法」laws.e-gov.go.jp／「法人税法施行令」laws.e-gov.go.jp
- 法務省「一般社団法人及び一般財団法人制度Q&A」moj.go.jp／法務局「商業・法人登記の申請書様式」houmukyoku.moj.go.jp
- 日本公証人連合会「定款認証」koshonin.gr.jp
- 国税庁「A1-5 個人事業の開業届出・廃業届出等手続」nta.go.jp／「C1-4 内国普通法人等の設立の届出」nta.go.jp／「C1-6 公益法人等又は人格のない社団等の収益事業開始等の届出」nta.go.jp
- 国税庁「No.7191 登録免許税の税額表」nta.go.jp／「一般社団法人・一般財団法人と法人税」nta.go.jp
- 新潟県「NPO法人設立認証後の手続き（設立登記と登記完了届）」pref.niigata.lg.jp／東京都主税局「法人事業税・法人都民税」tax.metro.tokyo.lg.jp
- 三重県「令和7年度三重県フリースクール等民間施設運営支援補助金を創設します」pref.mie.lg.jp／札幌市「フリースクール支援」city.sapporo.jp
- 日本政策金融公庫「新規開業・スタートアップ支援資金」jfc.go.jp／「ソーシャルビジネス支援資金」jfc.go.jp
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- 社員インタビュー（あーちゃん）nijin.co.jp／星野起業塾 nijin.co.jp/kigyojuku/